על שאלת החקר התלמידות עונות בשני ערוצים: הערוץ התיאורטי עיוני והערוץ המחקרי מעשי.

התלמידות אוספות מקורות מידע רלוונטים, מארגנות את המידע לראשי פרקים וכותבות את הפרק התיאורטי הבנוי כמשפך – מן הכללי אל הספציפי. התלמידות מראיינות אנשים שיכולים לענות להם על שאלת החקר, הן מבני המשפחה והן מחוצה לה, וכותבות את הפרק המחקרי.

בסיכום העבודה עליהן לערוך השוואה בין המסקנות אליהן הגיעו בפרק התיאורטי למסקנות אליהן הגיעו בחלק המחקרי. אם יש שונות או פערים הם מנסות להסביר אותם ולהסיק מהם מסקנות. ליווי החקר והכתיבה מתקיים בקבוצות קטנות  ובעזרת צוות רחב  .

דוגמאות לשאלות חקר:

  • מהם הקשיים בהם נתקלו תושבי המעברות ומהן דרכי התמודדות איתם?
  • מהם הגורמים לעליה במספר הבנות הדתיות המתגייסות לצה"ל?
  • מה הקריבו היהודים שעלו לארץ מעירק ומשבדיה?
  • כיצד התייחסו יושבי הארץ אל העולים התימנים בשנות החמישים?

מדי שנה עבודות חקר של תלמידותינו זוכות  בתחרויות ארציות  וללא ספק מהווה עבור בנות רבות  הזדמנות לקשר ולחקר. בין העבודות הזוכות: 'החיים ללא פנקס אדום'(רעות פוני, תשע"ו) 'התמודדות עם אובדן' (נועה כהן ,תשע"ה) 'תנועות הנוער בישראל ובעולם באמצע המאה ה20 והיום'(ליאור פוסטנברג, תשע"ד) , 'תפיסת מעמד האישה בקרב ילדים הלומדים  בכיתות נפרדות ומעורבות' (אילנית הראל, תשע"ג)

חלק חווייתי משמעותי נוסף בתכנית שורשים הוא ערב סבאבא. הבנות מגיעות  לביה"ס בלוויית הוריהן והסבים והסבתות שלהן. ערב זה שהוא מטבעו חגיגי ומרגש באופן מיוחד מאפשר לנו לחוש בתוך בי"ס כקהילה רב דורית, להיפגש עם מטעמים מעדות שונות, עם חפצים בעלי ערך היסטורי, לשמוע סיפורים מתקופות שונות ומקומות שונים ולהעביר מסר של תודה והערכה מדור הבנות לדור הסבים.

תכנית שורשים היא הזדמנות למסע אישי של תהליך חקר בנושא שקשור למשפחה ולקורות עם ישראל. זו התנסות חשובה בפיתוח הסקרנות האישית ובמיומנות של לימוד עצמי, עבודה עם טקסטים מורכבים ובעיקר מפגש משמעותי עם המשפחה ותולדותיה.