מגמת מחשבת ישראל נותנת הזדמנות לתלמידות להעמיק את עולמן הדתי והרוחני, לברר את ערכי היסוד של היהדות בימינו ולגבש תפיסת עולם ציונית דתית, הנמצאת בשיח עם העולם המודרני והחברה הישראלית כולה.
הלומדות במגמת מחשבת ישראל משלימות 3 יחידות נוספות המצטרפות ליחידת החובה במחשבת – "אמונה וגאולה" וליחידת החובה בספרות.
שלוש היחידות מורכבות מיחידת בגרות חיצונית ושתי יחידות בית ספריות.
היחידה החיצונית עוסקת בשאלות כמו: למה מקיימים מצוות? טעמי מצוות – האם זה חשוב? מצוות שאינן רלוונטיות? מה עושים כשלא "מתחברים"? לימוד תורה – אמצעי או מטרה? למה מתפללים? איך/האם התפילה "פועלת"? האם עוזר "לקרוא תהילים"? למה כל כך הרבה אנשים מתקשים להתפלל? מה המשמעות העמוקה בשבת ובחגים? ועוד…
שתי היחידות הבית ספריות יעסקו בנסיון ליצור שפה משותפת עם החברה הישראלית, החילונית. יחידה אחת תוקדש לסדרת מפגשים עם תלמידות בתיכון חילוני. היחידה השניה תעסוק בתשתית המחשבתית למפגשי השיח. נושאים כגון: האם יש אמת אחת? מהו היחס הנכון לזרמים שונים ביהדות? היכרות עם הגות ציונית חילונית… ועוד…
תלמידות המגמה יסיימו את שנות לימודן בתיכון עם הבנה מעמיקה של עולם הרעיונות הדתי ממנו הן צמחו ועם רצון ויכולת לפתח שיח פורה ומעצים עם החברה הישראלית הכללית.